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Rechnergestützte Genomik und Epidemiologie
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Dr. Alice McHardy
Die Gruppe konzentriert sich in ihrer Forschung auf die datengetriebene Analyse von biologischen Fragestellungen sowie auf die Entwicklung von neuen Methoden für die Analyse von großen biologischen Datensätzen. Zur Lösung medizinisch oder biotechnologisch relevanter Probleme entwickeln wir Methoden basierend auf Verfahren der Mustererkennung und phylogenetischer Inferenz. Zum Beispiel arbeiten wir an phylodynamischen Verfahren, die anhand von phylogenetischer und epidemiologischer Information verschiedene Aspekte der evolutionäre Dynamik einer Spezies oder eines Virus schätzen. Wir verwenden diese Methoden, um Genomdaten von mikrobiellen Gemeinschaften, Grippeviren und von Krebszellen zu analysieren.
Unsere Projekte
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Im Bereich der Metagenomik arbeiten wir an Verfahren für die taxonomische Klassifizierung von Sequenzfragmenten, sowie an Verfahren für die funktionelle Charakterisierung von Proteinfamilien. Ein zweiter Forschungsschwerpunkt ist die Evolution von Grippeviren. Wir untersuchen die kurzfristige evolutionäre Dynamik dieses Virus und suchen nach den molekularen Fitnessdeterminanten der Proteine, die für die Produktion eines effizienten Grippeimpfstoffes relevant sind. Weiterhin arbeiten wir im Bereich Krebsgenomik an der Suche nach genomischen und epigenetischen Markern von diagnostischem Wert.
